La Catedral de Santander se ubica en un punto estratégico de la ciudad, el cerro de Somorrostro, que fue el lugar que escogieron los romanos para la ciudad. En aquel momento era un promontorio rodeado casi en su totalidad por el mar.

La edificación de la catedral vino de la mano de la concesión de fuero a Santander en el año 1187, ya que el importante desarrollo económico que trajo consigo hizo posible que se levantara el edificio.

Se empezó a construir en el siglo XII sobre una antigua Abadía de Sancti Emeritii et Celedonii, conocida como Abadía de los Cuerpos Santos.

La actual Catedral  está formada por dos iglesias superpuestas de estilo gótico. La inferior, conocida como Parroquia del Cristo, fue edificada en el primer tercio del siglo XIII, mientras que la superior se levantó a finales del siglo XIII, aunque se reconstruyó parcialmente después del incendio del año 1941. Se le añadió un claustro al conjunto en el siglo XIV. El proyecto inicial era mayor que lo finalmente se llevó a cabo, ya que se planificó dos iglesias superpuestas con tres naves y más tramos que los finalmente realizados.

La Iglesia Baja, llamada Parroquia del Cristo, se conserva actualmente, y la forman tres naves de cuatro tramos, junto con los ábsides de cabecera que se realizaron algo después del resto. Destacan en ella las pilastras tan robustas y los arcos para bóvedas tan bajos, ya que tienen que soportar todo el peso de la iglesia superior.

La iglesia está abierta al norte debido al terreno que la condiciona, mediante un ventanal flanqueado por sendas puertas, y cobijado por un atrio de ese mismo período. Hace poco se descubrió la Puerta del Perdón, que estaba vinculada a la peregrinación y al jubileo.

Recientemente, en los años 1982 y 1983 se llevaron a cabo diversas excavaciones arqueológicas, encontrándose restos del asentamiento romano primitivo. Destaca entre ellos la Cámara del horno romano, donde se conservaron las cabezas de los mártires Emeterio y Celedonio durante la Edad Media, lo que fue el punto de partida para la edificación de las primitivas iglesias. Cerca de esta cámara apareció una gran cantidad de restos humanos, lo que da a entender que existía un gran deseo de la población de que se le diera sepultura cerca de estas reliquias.

Las cabezas se repusieron al culto en 1533, colocándose en dos relicarios de plata. Se produjo por el avance del protestantismo.

En relación a la iglesia de la planta alta, es la que se corresponde con la Catedral. La puerta principal está abierta al claustro por el sur, y la torre campanil, robusta, puede mostrar un aire a fortaleza militar.

Con el paso del tiempo se han producido dos ampliaciones. La primera fue durante los siglos XVI y XVII, consistiendo en la construcción de capillas periféricas; mientras que la segunda se realizó obligada después del incendio de 1941, y duró hasta 1953. Con esta última reforma se duplicó el aforo, al añadirle crucero, cimborrio, ábside y girola. A pesar de estos cambios, la reconstrucción respetó y mantuvo el estilo gótico de la parte recuperada, mientras que se añadieron elementos clasicistas para diferenciarlos de la iglesia primitiva.

En relación a la decoración del exterior, lo más singular son las jambas de la puerta de acceso, donde se pueden ver los escudos reales de castillos y leones más antiguos de España. La decoración restante es más bien austera, limitándose a capiteles, ménsulas, claves y algún friso. La temática habitual es tanto la vegetación como historiado.

En cuanto al interior, en el incendio de 1941 se quemó prácticamente todo, por este motivo todas las imágenes, y todos los retablos menos uno, son recientes o traídos de otras iglesias.

En el interior de la Catedral se encuentra la tumba del santanderino Menéndez y Pelayo. Fue un importante escritor, historiador y político, entre otras ocupaciones.

El claustro es de estilo sobrio y funcional típicamente gótico.

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